Οι σπηλιές ανακαλύφθηκαν εκ νέου στη σύγχρονη εποχή στις 12 Ιανουαρίου 1959 από πέντε φίλους, οι οποίοι μπήκαν μέσα από μια στενή καταβόθρα γνωστή ως "La Mina". Αυτό αποτελεί μια από τις δύο φυσικές εισόδους στο σύστημα των σπηλαίων. Η τρίτη είσοδος δημιουργήθηκε το 1960 για να επιτρέπει την εύκολη πρόσβαση στους τουρίστες, ακριβώς νότια των Sierras of Tejeda, Almijara και Alhama Natural Park.
Το σπήλαιο χωρίζεται σε δύο κύρια μέρη γνωστά ως Nerja I και Nerja II. Το Nerja I περιλαμβάνει τις Show Galleries που είναι ανοιχτές στο κοινό, με σχετικά εύκολη πρόσβαση μέσω μιας σκάλας και τσιμεντένια μονοπάτια που επιτρέπουν στους τουρίστες να κυκλοφορούν στο σπήλαιο χωρίς δυσκολία.
την Άνω Πινακοθήκη που ανακαλύφθηκε το 1960 και τη Νέα Πινακοθήκη που ανακαλύφθηκε το 1969.
Ο μεγαλύτερος σταλακτίτης στον κόσμο βρίσκεται στη Nerja. Πιο συγκεκριμένα στην Hall of Cataclysms, Αίθουσα του Κατακλυσμού. Έχει ύψος 32 μέτρα και διάμετρο 18 μέτρα και το βιβλίο των ρεκόρ Γκίνες το αναγνωρίζει ως το μεγαλύτερο του είδους του.
Τον Φεβρουάριο του 2012 ανακοινώθηκε ότι στα Σπήλαια της Νέργια ανακαλύφθηκαν ζωγραφισμένα σχέδια πιθανώς ανθρώπων του Νεάντερταλ, που χρονολογούνται 42.000 χρόνια πριν.
Ένας σκελετός που βρέθηκε στις σπηλιές, τώρα εκτίθεται κοντά στην είσοδο.