Σχεδιάστηκε για να φρουρήσει την είσοδο στον κόλπο του Σαν
Χουάν και να υπερασπιστεί την ισπανική αποικιοκρατική πόλη από εχθρούς θαλάσσης. Οι στόλοι του Sir Francis Drake το έτος 1595 και οι Ολλανδοί το 1625 επιτέθηκαν κατ' εξακολούθηση στο σημαντικό τείχος.Η κατασκευή της ακρόπολης και των γύρω τειχών της ξεκίνησε το 1539 κατόπιν εντολής του βασιλιά Charles V της Ισπανίας. Το αρχικό φρούριο χτίστηκε υπό την καθοδήγηση του κατακτητή Diego Ramos de Orozco και κύριος σκοπός του ήταν να υπερασπιστεί το λιμάνι του San Juan ελέγχοντας την είσοδό του.
Έγιναν προσθήκες πυροβολαρχιών για την ενίσχυση του φρουρίου στη δεκαετία του 1580 καθιστώντας το ένα αδιαπέραστο οχυρό. Το 1765 υπέστη σημαντική ανακαίνιση λόγω στρατιωτικής μεταρρύθμισης. Προστέθηκαν περισσότερες πυροβολαρχίες, χτίστηκαν νέα διαμερίσματα για τα στρατεύματα και νέα τείχη. Μέχρι το 1790 το El Morro ήταν ένα ισχυρό φρούριο χτισμένο σε έξι επίπεδα.