Η πρώτη ευρωπαϊκή εξερεύνηση της Alta California , έγινε
από την ισπανική αποστολή Portola , η οποία κατέβηκε στο Los Osos Valley και στρατοπέδευσε κοντά στο σημερινό Morro Bay στις 8 Σεπτεμβρίου του 1769. Οι πρώτοι καταγεγραμμένοι μετανάστες από τις Φιλιππίνες στην Αμερική έφτασαν στο Morro Bay στις 18 του Οκτώβρη 1587, με την ισπανική γαλέρα Nuestra senora de Esperanza. Η πόλη του Morro Bay ιδρύθηκε από τον Franklin Riley το 1870 ως λιμάνι για την εξαγωγή γαλακτοκομικών προϊόντων. Από τις αρχές του 20ου αιώνα, η παραλία της έχει γίνει κέντρο διακοπών. Ο τουρισμός είναι η μεγαλύτερη βιομηχανία της πόλης. Η πιο δημοφιλής παραλία βρίσκεται στη βόρεια πλευρά του Morro Rock, βόρεια του λιμανιού.Το πιο εντυπωσιακό χαρακτηριστικό της πόλης είναι ο Morro Rock, ένας βράχος ύψους 195 μέτρων, σχηματισμένος από ηφαιστειακή λάβα. Ξεχωρίζει στην είσοδο του λιμανιού και ένα υπερυψωμένο μονοπάτι τον συνδέει με την ακτή. Προηγουμένως περιβαλλόταν από νερό, αλλά το βόρειο κανάλι γέμισε για να γίνει το λιμάνι.
Το Rock, όπως το αποκαλούν οι ντόπιοι, εξορύχθηκε το 1889-1969. Δεν υπάρχει δημόσια πρόσβαση στον βράχο, διότι είναι ένα καταφύγιο για το απειλούμενο τοπικό πουλί πετρίτη. Ωστόσο, η περιοχή γύρω από τη βάση του βράχου είναι επισκέψιμη. Η βάση του βράχου είναι γεμάτη με πεσμένους ογκόλιθους.