Τα πιο σημαντικά εκθέματα αφορούν τα ψηφιδωτά δάπεδα των οικείων του Διονύσου και της Απαγωγής της Ελένης, τοιχογραφίες, μεταλλικά αντικείμενα, νομίσματα και επιγραφές.Η σημαντικότερη επιγραφή του Μουσείου είναι ο Κατάδεσμος της Πέλλας που παρέχει πληροφορίες σχετικά με τη γλώσσα των κατοίκων (δωρική διάλεκτος όπως είχε σημειώσει ο Ηρόδοτος "Ιστορίαι" 1-56.3. Ο κατάδεσμος της Πέλλας είναι κατάρα (αρά) ή μαγική επωδός γραμμένη σε φύλλο μολύβδου η οποία χρονολογείται στο πρώτο μισό του 4ου αιώνα ΠΚΕ (375-350 ΠΚΕ). Βρέθηκε στην Πέλλα το 1986.
Στην είσοδο υπάρχουν δύο σημαντικά εκθέματα: του Μεγάλου Αλεξάνδρου και ένα αγαλματίδιο με τα χαρακτηριστικά του θεού Πάνα.
Αρχαιολογικός χώρος Πέλλας