Η Μονή Σισσίων έγινε λίγο αργότερα ορθόδοξη, όπως και παραμένει έως τις μέρες μας. Το μοναστήρι είναι γνωστό στην Κεφαλονιά ως "Παναγία στα Σίσσια", με το όνομα αυτό να έχει τις ρίζες του πιθανότατα στη λέξη "Ασσίζη". Η Παναγία των Σισσίων, η εικόνα της Μονής Σισσίων, είναι έργο του 15ου αιώνα.
Στη Μονή Σισσίων τελείται κάθε χρόνο μια από τις παλιότερες λιτανείες της Κεφαλονιάς, με ρίζες στην εποχή του Μεσαίωνα, τότε που πρωτεύουσα του νησιού ήταν το Κάστρο του Αγίου Γεωργίου. Σύμφωνα με την θρησκευτική παράδοση, κάθε χρόνο η εφέστια (η προστάτιδα) εικόνα της Μονής Σισσίων μεταφέρεται με Λιτανεία στο ναό της Ευαγγελίστριας του Κάστρου την Κυριακή του Θωμά. Μένει εκεί ως την Κυριακή της Σαμαρείτιδος, όταν επιστρέφει στα Σίσσια πάλι με Λιτανεία, ενώ κατά την υποδοχή της εικόνας γίνεται στο μοναστήρι μεγάλο πανηγύρι.
Το παλιό μοναστήρι της Μονής Σισσίων στέκει ακόμα ανάμεσα στα δέντρα, με την εντυπωσιακή αρχιτεκτονική του να θυμίζει στους αιώνες τη μεγαλοπρέπεια του παρελθόντος.