Ιδρύθηκε στις αρχές του 12ου αιώνα από μοναχούς, οι οποίοι θεώρησαν το απομονωμένο αυτό σημείο ιδανικό για να φτιάξουν τη σκήτη τους. Η λέξη Phuktal σημαίνει «το σπήλαιο του ελεύθερου χρόνου» ή «το σπήλαιο της απελευθέρωσης». Οι σπηλιές της περιοχής άλλωστε ήταν τόπος θρησκευτικού διαλογισμού ανέκαθεν.
Χτίστηκε γύρω από ένα φυσικό σπήλαιο, το οποίο έχουν επισκεφθεί πολλοί λόγιοι, μελετητές, ερευνητές και μοναχοί πριν από 2.550 χρόνια. Η απομακρυσμένη θέση του μοναστηριού ήταν ιδανική για τους μοναχούς που αναζητούν ειρήνη και μοναξιά για να διαλογιστούν. Η παρούσα Phuktal Gompa, της σχολής Gelug του θιβετιανού βουδισμού, ιδρύθηκε στις αρχές του 15ου αιώνα από τον Jangsem Sherap Zangpo, μαθητή του Je Tsongkhapa.

Ο βράχος είναι μέρος ενός πλευρικού φαραγγιού ενός μεγάλου παραπόταμου του ποταμού Lungnak (ποταμός Lingti-Tsarap). Το μοναστήρι σήμερα στεγάζει έναν κύριο ναό, αίθουσες προσευχής, μια βιβλιοθήκη με σπάνια ιερά κείμενα, διαμερίσματα και καθιστικά, εγκαταστάσεις διδασκαλίας, κουζίνα και φυσικά το αρχικό σπήλαιο και την ιερή πηγή που προστατεύεται. Έχει περίπου 70 μοναχούς.

Πρόκειται για έναν πολύ περίπλοκο και εξελιγμένο σύστημα ιατρικής θεωρίας, διάγνωσης και θεραπείας. Απόκτησε τη σύγχρονη μορφή του στο Θιβέτ του 7ου αιώνα μέσα από μια σύνθεση ινδικής, κινεζικής, ελληνικής, περσικής και εγχώριας ιατρικής γνώσης.

Τα φεστιβάλ αποτελούν σημαντικό μέρος του Phuktal Gompa. Είναι μια ευκαιρία για τους μοναχούς να αλληλεπιδρούν με τους χωρικούς και για τους κατοίκους του χωριού να επισκέπτονται το μοναστήρι. Βοηθούν στη διατήρηση των αιώνων παραδόσεων, επιτρέποντας στους μοναχούς να συσσωρεύουν καλό κάρμα για την επόμενη ζωή μέσω προσφορών, λατρείας, προσευχών και υπηρεσιών.