Χωρίζονται μεταξύ τους από ένα στενό πορθμό πλάτους 200 μ. Γεωγραφικά, τα συναντά κανείς 3 ναυτικά μίλια νοτιοανατολικά της Νάξου και δυτικά της Αμοργού.
Σύμφωνα με τα αρχαιολογικά ευρήματα, τα Κουφονήσια κατοικούνταν ήδη από την Προϊστορική εποχή. Επίσης, ανασκαφές στο Επάνω Μίλι έφεραν στην επιφάνεια σημαντικά ευρήματα που χρονολογούνται στα πρώτα χρόνια του Κυκλαδικού Πολιτισμού.
Το Άνω Κουφονήσι έχει έκταση 5,7 km². Ξεχωρίζουν οι 5 αξιόλογες παραλίες που υπάρχουν στο νησί, με ωραιότερες το Πορί και τον Φοίνικα. Οι παραλίες Χαροκόπου και Πλατιά Πούντα συγκεντρώνουν τον περισσότερο κόσμο.
έχει έκταση 4,4 km². Αν και παλαιότερα υπήρχε ένας οικισμός δέκα οικογενειών, στις μέρες μας είναι ακατοίκητο, καθώς διαθέτει μόνο μερικές κατοικίες ψαράδων και κατοικείται το καλοκαίρι. Υπάρχει και μια γραφική εκκλησία αφιερωμένη στην Παναγία.
